MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Ralstonia solanacearum M4S plasmid pJTPS1

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001399	CAC	2	6	25	30	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_001399	GTT	2	6	79	84	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_001399	CAG	3	9	128	136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_001399	CACC	2	8	143	150	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_001399	GCG	2	6	160	165	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_001399	GGC	2	6	171	176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_001399	CGG	3	9	276	284	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_001399	GAC	2	6	313	318	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_001399	CAG	2	6	325	330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_001399	AGC	3	9	331	339	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_001399	GCA	2	6	391	396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954630
12	NC_001399	ATCG	2	8	419	426	25 %	25 %	25 %	25 %	10954630
13	NC_001399	TCA	2	6	447	452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954630
14	NC_001399	CCA	2	6	453	458	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954630
15	NC_001399	GCC	2	6	467	472	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954630
16	NC_001399	ACG	2	6	485	490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954630
17	NC_001399	CCCCA	2	10	491	500	20 %	0 %	0 %	80 %	10954630
18	NC_001399	CT	3	6	521	526	0 %	50 %	0 %	50 %	10954631
19	NC_001399	ACG	2	6	561	566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954631
20	NC_001399	CCG	2	6	610	615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954631
21	NC_001399	CACC	2	8	619	626	25 %	0 %	0 %	75 %	10954631
22	NC_001399	CGT	2	6	631	636	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954631
23	NC_001399	CAGA	2	8	648	655	50 %	0 %	25 %	25 %	10954631
24	NC_001399	GTA	2	6	697	702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954631
25	NC_001399	CCA	2	6	744	749	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954631
26	NC_001399	CAG	2	6	759	764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954631
27	NC_001399	GAT	2	6	813	818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954632
28	NC_001399	GTCG	2	8	879	886	0 %	25 %	50 %	25 %	10954632
29	NC_001399	CAG	2	6	935	940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954632
30	NC_001399	CTT	2	6	1043	1048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954632
31	NC_001399	CTCGGC	2	12	1052	1063	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	10954632
32	NC_001399	GAC	2	6	1088	1093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954633
33	NC_001399	GAACGG	2	12	1151	1162	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	10954633
34	NC_001399	GAT	2	6	1169	1174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954633
35	NC_001399	GCT	2	6	1279	1284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954633
36	NC_001399	CCAT	2	8	1287	1294	25 %	25 %	0 %	50 %	10954633
37	NC_001399	CTC	2	6	1356	1361	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954634
38	NC_001399	CGTG	2	8	1379	1386	0 %	25 %	50 %	25 %	10954634
39	NC_001399	CAGCG	2	10	1458	1467	20 %	0 %	40 %	40 %	10954634
40	NC_001399	GCAGC	2	10	1482	1491	20 %	0 %	40 %	40 %	10954634
41	NC_001399	GGC	2	6	1751	1756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954634
42	NC_001399	CGT	2	6	1809	1814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
43	NC_001399	TGC	2	6	1829	1834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
44	NC_001399	CGC	2	6	1841	1846	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
45	NC_001399	CGCC	2	8	1873	1880	0 %	0 %	25 %	75 %	10954634
46	NC_001399	GTA	2	6	1899	1904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954634
47	NC_001399	CG	3	6	1975	1980	0 %	0 %	50 %	50 %	10954634
48	NC_001399	CCA	2	6	2051	2056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954634
49	NC_001399	GCC	2	6	2064	2069	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
50	NC_001399	CGC	3	9	2078	2086	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
51	NC_001399	TGA	2	6	2120	2125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954634
52	NC_001399	CAG	2	6	2130	2135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954634
53	NC_001399	CGG	2	6	2155	2160	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954634
54	NC_001399	GCT	2	6	2225	2230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
55	NC_001399	TGC	2	6	2246	2251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
56	NC_001399	GCCT	2	8	2292	2299	0 %	25 %	25 %	50 %	10954634
57	NC_001399	GCC	2	6	2351	2356	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
58	NC_001399	CGCTC	2	10	2363	2372	0 %	20 %	20 %	60 %	10954634
59	NC_001399	GCC	2	6	2383	2388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954634
60	NC_001399	GGAC	2	8	2467	2474	25 %	0 %	50 %	25 %	10954634
61	NC_001399	TCA	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954634
62	NC_001399	GCAG	2	8	2576	2583	25 %	0 %	50 %	25 %	10954634
63	NC_001399	CTG	2	6	2679	2684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954634
64	NC_001399	C	7	7	2694	2700	0 %	0 %	0 %	100 %	10954634
65	NC_001399	T	9	9	2749	2757	0 %	100 %	0 %	0 %	10954636
66	NC_001399	CG	3	6	2847	2852	0 %	0 %	50 %	50 %	10954636
67	NC_001399	TCG	2	6	2867	2872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954636
68	NC_001399	GTT	2	6	2892	2897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10954636
69	NC_001399	AGC	2	6	2901	2906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954636
70	NC_001399	CAGC	2	8	2936	2943	25 %	0 %	25 %	50 %	10954636
71	NC_001399	TGTA	2	8	3013	3020	25 %	50 %	25 %	0 %	10954636
72	NC_001399	GCT	2	6	3038	3043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954637
73	NC_001399	A	6	6	3162	3167	100 %	0 %	0 %	0 %	10954637
74	NC_001399	GCC	2	6	3300	3305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954637
75	NC_001399	CTTC	2	8	3328	3335	0 %	50 %	0 %	50 %	10954637
76	NC_001399	GCT	2	6	3403	3408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954637
77	NC_001399	CGA	2	6	3438	3443	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954639
78	NC_001399	CAG	2	6	3476	3481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954639
79	NC_001399	TCC	2	6	3537	3542	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954639
80	NC_001399	GCC	2	6	3591	3596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954639
81	NC_001399	CCA	2	6	3613	3618	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954639
82	NC_001399	GCC	2	6	3693	3698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954640
83	NC_001399	CAA	2	6	3753	3758	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954640
84	NC_001399	CAG	2	6	3793	3798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954640
85	NC_001399	GCC	2	6	3821	3826	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954640
86	NC_001399	CCA	2	6	3840	3845	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954640
87	NC_001399	GCA	2	6	3897	3902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954640
88	NC_001399	CTT	2	6	3907	3912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954640
89	NC_001399	TTC	2	6	3937	3942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954640
90	NC_001399	GCT	2	6	3954	3959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954640
91	NC_001399	ACC	2	6	4016	4021	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954640
92	NC_001399	GCG	2	6	4156	4161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954640
93	NC_001399	GAC	2	6	4215	4220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954640
94	NC_001399	TGA	2	6	4300	4305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954640
95	NC_001399	AGC	2	6	4376	4381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_001399	T	6	6	4418	4423	0 %	100 %	0 %	0 %	10954642
97	NC_001399	CTGG	2	8	4424	4431	0 %	25 %	50 %	25 %	10954642
98	NC_001399	CGG	2	6	4500	4505	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
99	NC_001399	CCG	2	6	4597	4602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
100	NC_001399	GGCC	2	8	4660	4667	0 %	0 %	50 %	50 %	10954642
101	NC_001399	CAG	2	6	4673	4678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954642
102	NC_001399	CGC	2	6	4686	4691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
103	NC_001399	CGTC	2	8	4706	4713	0 %	25 %	25 %	50 %	10954642
104	NC_001399	CGG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
105	NC_001399	ACCGCT	2	12	4738	4749	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	10954642
106	NC_001399	CCCTG	2	10	4769	4778	0 %	20 %	20 %	60 %	10954642
107	NC_001399	CGT	2	6	4809	4814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954642
108	NC_001399	CGGTA	2	10	4823	4832	20 %	20 %	40 %	20 %	10954642
109	NC_001399	CGC	2	6	4854	4859	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
110	NC_001399	GGC	2	6	4894	4899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
111	NC_001399	GGA	2	6	4929	4934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10954642
112	NC_001399	CTT	3	9	4971	4979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954642
113	NC_001399	GTA	2	6	5028	5033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954642
114	NC_001399	TGC	2	6	5071	5076	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954642
115	NC_001399	CCA	2	6	5078	5083	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954642
116	NC_001399	CGC	2	6	5166	5171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
117	NC_001399	CGG	2	6	5250	5255	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10954642
118	NC_001399	GCA	2	6	5270	5275	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954642
119	NC_001399	CCG	2	6	5324	5329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954642
120	NC_001399	TCA	2	6	5405	5410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954642
121	NC_001399	CCA	2	6	5437	5442	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954642
122	NC_001399	GTTGC	2	10	5468	5477	0 %	40 %	40 %	20 %	10954642
123	NC_001399	GC	3	6	5522	5527	0 %	0 %	50 %	50 %	10954643
124	NC_001399	GCC	2	6	5534	5539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954643
125	NC_001399	GAT	2	6	5543	5548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954643
126	NC_001399	GCA	2	6	5589	5594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954643
127	NC_001399	GGCA	2	8	5597	5604	25 %	0 %	50 %	25 %	10954643
128	NC_001399	ACT	2	6	5615	5620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954643
129	NC_001399	CCG	2	6	5647	5652	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10954643
130	NC_001399	CG	3	6	5706	5711	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_001399	CAT	2	6	5749	5754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954644
132	NC_001399	CAGCG	2	10	5787	5796	20 %	0 %	40 %	40 %	10954644
133	NC_001399	GAT	2	6	5814	5819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954644
134	NC_001399	CTG	2	6	5964	5969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954644
135	NC_001399	GTC	2	6	6045	6050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954644
136	NC_001399	CCT	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954644
137	NC_001399	GTC	2	6	6130	6135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954644
138	NC_001399	GTG	2	6	6244	6249	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10954644
139	NC_001399	CAG	2	6	6305	6310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_001399	GCAC	2	8	6387	6394	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_001399	CA	3	6	6417	6422	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_001399	CAG	2	6	6563	6568	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.